由于亚伯拉罕·林肯的卓越功绩，1864年11月8日他再次当选为美国总统。然而，还没等林肯把他的战后政策付诸实施，悲剧发生了。1865年4月14日晚10时15分，就在南方军队投降后第5天，林肯在华盛顿福特剧院遇刺。约翰·威尔克斯·布斯(JoghwilkesBooth)已经在磨刀霍霍了。布斯出身于美国戏剧界名门之后，他高超的演技一直是女性戏迷追逐的对象。但是布斯人在戏行，心忧国家，他在政见上毫不含糊，一个坚定的南部联邦的极力支持者。内战期间，布斯就纠合了一群人暗中活动，这些人包括他的儿时好友米切尔·奥劳夫林和萨姆·阿诺德；马里兰州一个制造马车的乔治·阿茨罗德；23岁的药店员工大卫·赫罗尔德；前南部联邦战士路易斯·鲍威尔，还有一个曾经为叛军提供过情报的约翰·萨拉特。这个组织曾经在华盛顿的一所公寓密谋了绑架林肯以交换南部被俘战士的计划，但这些计划都像其他许多阴谋一样，毫无结果。
林肯被刺的前两三天，布斯几乎天天酩酊大醉，他以前的那个阴谋组织支离破碎，只剩下佩因、赫罗尔德和阿茨罗德了。4月14日中午时分，他去福特剧院取邮件，无意中看到海报上说，林肯和格兰特将出席晚上的节目，布斯一阵狂喜，立即召集死党实施他们的最后计划：阿茨罗德去刺杀副总统约翰逊，佩因和赫罗尔德去刺杀日渐康复的国务卿西华德，布斯自己去刺杀总统。
事情进展得并不顺利：阿茨罗德喝醉了酒临阵退缩，根本没有去刺杀约翰逊。佩因和赫罗尔德倒进行得不错，他们摸到了西华德家外面，由赫罗尔德守在马车上接应，佩因直接进了西华德家，他拿着一包药，这也是早就策划好的。西华德的儿子告诉佩因，他的父亲正在睡觉，现在还不能吃药。但是佩因坚持要送药进去，小西华德感到此人不可理喻，命令他立即滚蛋。由于害怕被看穿阴谋，佩因立即掏出了手枪，对准小西华德的头部就是一下，可惜子弹不知咋的，竟然瞎火。佩因赶紧握紧枪，用枪托猛砸小西华德的头，可怜的小西华德头骨被打裂了。扫除了门外的障碍，佩因从包裹里抽出一把大刀冲进了西华德黑暗的卧室，这时他才发现卧室里除了西华德还有西华德的女儿和一个男护士。男护士见势不妙，立即跳将起来冲向佩因，佩因抡起大刀就把他的前额砍破了，而西华德的女儿在惊吓之余也被佩因打晕了过去。
佩因冲到西华德的床边，一刀一刀地猛刺国务卿。这时，西华德的另一个儿子听到声响也冲了进来，不料被手持凶器的佩因在前额划了一刀，并且砍伤了手。佩因感到此地不宜久留，于是迅速离开卧室，跳下楼梯，在楼梯上他又撞见了一个倒霉的国务院信使，佩因一不做，二不休，把这信使又砍伤了。直到逃到大门前，狂奔的佩因不停地尖叫：“我疯了！我疯了！”
令人不可思议的是，所有遭到佩因袭击的人最后都康复了，而且西华德在林肯死后的约翰逊总统任期里还继续做他的国务卿。
话题转到布斯那边，布斯于晚上10点平静地进入了总统的包厢。本来包厢是有个锁的，但这锁在几天前就坏了，也没有人报告此事。由于布斯本来是个演员，所以警卫总统的人都没有为难他。警察约翰·派克本来应该是守在大厅通往包厢的必经之路上的，但是他对看戏毫无兴趣，所以躲到另一个房间去喝酒去了。
当布斯进入包厢后，他平静地把枪瞄准了林肯的左耳和背脊之间……共开枪8次，林肯被击中6次，其中5次击中要害。然而1675名观众中，只有很少人听见枪声，甚至坐在旁边的林肯夫人和几个陪同看戏的人都没有对枪声太震惊。因为布斯选择了戏剧的高潮处开枪，演员的大笑和枪声混杂在一起是很难听清的。
接下来包厢里一片混乱，布斯从包厢里跳到舞台上，转身向观众喊了句：“一切暴君都是这个下场。”这是弗吉尼亚州的名言。
关于追凶现场的回忆
全场观众惊呆了，竟然没有一个人追上去。几分钟后，布斯打马就逃了。布斯和他的同伙赫罗尔德穿越了阿纳科斯蒂亚河上的大桥后，进入马里兰州，他们俩惶惶如丧家之犬急急往南狂奔。为了治疗布斯的脚（他从包厢跳下来时扭伤了脚），他们在一户人家躲了一整夜，这家人还给布斯上了夹板。第五天，他们开始等待机会渡过波多马克河到弗吉尼亚去。4月20日，布斯不知从哪里弄来了一只船。接下来的两天里，由于河水暴涨，他们不得不在马里兰州的边界潜藏了两天。4月22日，他们最后成功地渡河逃到了弗吉尼亚，并继续向内地潜行，后来他们到达了理查德·加勒特农场。与此同时，缉拿凶手的联邦侦探和纽约第16骑兵队开始顺着蛛丝马迹一点点地也摸到了加勒特农场。以下就是骑兵队的指挥爱德华·多尔蒂中尉的回忆了。
我下了马，用力敲着前门，老加勒特出来了，我揪住他，问前几天被骑兵队跟踪的那两个逃犯在哪里。正当我问话时，突然，一个士兵大叫，“噢，中尉，这里有一个人躲在玉米仓库里。”但是我们发现是老加勒特的儿子，不是布斯及其党徒。我们审讯了这个小伙子，他很快告诉我，“谷仓里有人。”在留下一部分人看住房子后，我们包围了谷仓。我用力踢了踢谷仓的门，但是没有任何反应。我从加勒特的另一个儿子手中拿到了谷仓钥匙并打开了门，我要求里面的人出来投降。
拖延了一下后，布斯在里面回话了：“你们是不是搞错了？”
我回答：“那并不重要，你出来便是。”
他说：“我腿瘸了，而且只是一个人。”
我说：“我知道谁和你在一起，你们最好投降。”
他回答：“我只要朋友扶我出来，而不是我的敌人来扶。”
我说：“如果你再不出来，我就放火了。”一个下士立即堆好了一些干草靠在墙边并且点燃了火堆。
就在下士点火时，布斯在里面说：“如果你敢进来，我就用子弹打穿你的身体。”
我下令停止放火，并决定等到天亮后再进入谷仓制服他们。
又过了一会儿，布斯有气无力地说：“噢，中尉先生，这儿有一个人想向邪恶势力投降。”
我回答：“你最好出来。”
他回答说：“不，我还没有作出决定；但是请你的部下退后50步，给我一条生路。”
我告诉他，我有50个兄弟等在外面，一定要捉拿他。
他说：“好吧，我勇敢的兄弟，准备一个担架。”
这时，赫罗尔德走到门边，我要他交出枪械，布斯答腔了：“枪全在我这里，是用来对付你们的，先生。”我告诉赫罗尔德，“让我们看看你的手。”他把门打开了一半，我们立即抓住了他的手腕。就在这时，我听见里面一声枪响，我想是不是布斯自杀了，推开门，我发现布斯身后的干草和麦秸已经着火了。
布斯有一根拐杖，手上还有一支卡宾枪。我冲进着火的谷仓，其他人也纷纷跟进来。我们把布斯夹在腋窝下很快脱离了谷仓。火势越来越大，我把布斯送到了加勒特家中。
布斯的后脑中了致命的一枪。原来，在赫罗尔德准备出来的时候，一个侦探走到了谷仓后面点燃了稻草。就着火光布斯看见了我，于是他用枪瞄准了我。危急时刻，一个士兵迅速向布斯开火了，本来这个士兵是想打中布斯的胳膊的，但是因为布斯一转身，子弹偏了，打在了布斯的后脑上。
布斯示意我抬起他的手，我抬起后，他喘着粗气说：“没用了，没用了！”我给他一点白兰地和水，但是他已经不能吞咽了，我立即派人去请外科医生，当医生到来时已是回天乏术。7点钟的时候，布斯咽下了最后一口气。他的身旁有一本日记、一把猎刀、两支手枪、一只指南针以及一张关于加拿大的草图。
1865年4月15日，亚伯拉罕·林肯去世，时年56岁。林肯去世后，他的遗体在14个城市供群众凭吊了两个多星期，后被安葬在普林斯菲尔德(Princefield)。
